朱大典、左良玉部在一接到汝宁军的通报后，除了全军立刻向凤阳急行军去支援以外，还派出快马向京城上奏了这一惊天消息。
那信使只用了三天就赶到了京城，在正月十九日，朝廷便首先从朱大典、左良玉这里得知了这一噩耗。朝中顿时出现了一种诡异般的寂静，崇祯皇帝和朝中大臣们都盼望着奇迹的发生，甚至盼望着朱大典、左良玉传来的是个假消息。
可接下来这几天，从各个地方分别传来了农民造反军大军逼近凤阳的消息，这使得朱大典、左良玉的消息得到了证实。可是崇祯皇帝和大臣们还是带着侥幸，他们希望农民造反军攻不下凤阳，希望朱大典、左良玉等明军救援及时，不要让那不可收拾的事情发生。
可是生活中往往证明了，最糟糕的消息往往就是最真实的消息！在正月二十一日，还是离凤阳最近的朱大典、左良玉部打探到了凤阳失守，他们再次派出信使，于正月二十四日把这一消息上奏到了朝廷。
皇陵被焚，这也就大到了天上了。按照惯例，崇祯皇帝就认为这是自己失德，上天才会降下灾祸，因此他就要进行深刻地反思，检讨自己的失德之处。
于是在悲愤之余，崇祯皇帝先做形式主义的那一套吧。先是穿上素服，去太庙向列祖列宗哭告，后来又下《罪己诏》，自我检讨。承认各种错误“责实在朕”。
而在诏书中，崇祯皇帝还表示要与将士同甘共苦。宣称在生活上减少开支，吃饭穿衣之类都简单从事，以此来激烈将士为国效命。
当然，自我检讨以后，该对那些失责的大臣开始算帐了。崇祯皇帝认为：国家出现问题，与大臣们无能，不尽心尽力有密切的关系，因此他让朝臣们也都穿上素服。进行反省。
在反省以后还要问责，作为事件的责任人，凤阳巡抚杨一鹏被处死、巡按吴振缨被遣戍，镇守太监杨泽畏罪自杀。不过这杨泽的行为也确实可笑，既然他知道没有好结果选择了自杀，可当时他又为什么逃出凤阳呢？还不如选择和凤阳共存亡，至少名声上也好听许多吧！
兵部尚书张凤翼也是“惊怖欲仆”。事后崇祯皇帝虽然没有怪罪于他，可其领导责任也遭受了大批官员弹劾，使得崇祯皇帝不得不对其处了个“留堪”的处罚。可是张凤翼这个小老头的心脏明显承受不了这样的刺激了。没过多久，他就身患重病去世了。
而其余的官员，也将在战后分辩清各自罪责以后分别论处，不过这也给予了他们一个戴罪立功的机会。这其中包括洪承畴、玄默等河南官员，还有一位不是官员的白丁——吴世恭。
而这种公开挑战皇权的行为，当然也给农民造反军带来了疯狂的报复。明朝朝廷完全就把全部战略重点完全地指向了农民造反军。
首先就是“谕中外刷国耻，尽心杀贼”，调洪承畴所统陕西兵出关。同中原各省官军夹剿。经过一番紧张的调兵遣将，明朝朝廷终于拼凑了边、腹官兵七万有奇。连在辽东的三千关宁铁骑也在祖宽的率领下。入关加入到剿匪。
接着就是解决军饷问题了。朝廷发京、省、帑金一百多万两充作军饷，连崇祯皇帝内库都拿出了私房钱充做军饷。